iGenomics (анализ ДНК)

2020: Анонс iGenomics - мобильного анализатора ДНК

В начале декабря 2020 года ученые Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) разработали первый в мире мобильный анализатор последовательности генома. Новое приложение для iPhone получило название iGenomics и может использоваться в полевых условиях специалистами, занимающимися вопросами пандемии и экологии.

Приложение было разработано в дополнение к крошечным устройствам для секвенирования ДНК, производимым Oxford Nanopore. Разработчиком проекта выступил Аспин Палатник (Aspyn Palatnick), ныне инженер-программист в Facebook. Он пришел в лабораторию CSHL 14-летним стажером из средней школы и быстро уловил суть проблемы:

Хотя секвенаторы становились все меньше и меньше, доступных технологий, позволяющих изучать ДНК на мобильном устройстве, до сих пор не было. Большая часть изучения генома выполнялась на больших кластерах серверов или ноутбуках высокого класса.

Аспин Палатник, разработчик проекта iGenomics

Адъюнкт-профессор CSHL Майкл Шац (Michael Schatz) признал, что ученым приходится всюду возить с собой множество оборудования, что затрудняет исследование. Под руководством Шаца Палатник стал писать код для iGenomics - приложения, которое сможет сделать исследования генома более портативными и доступными. Работа продлилась восемь лет, но теперь пользователи смогут проводить анализ ДНК в самых удаленных местах - даже в тех, где нет доступа к Интернету.

Анализатор ДНК

Палатник и Шац пояснили, что алгоритм iGenomics может быстро отображать последовательности ДНК вирусных патогенов, таких как вирус гриппа или вирус Зика, и определять мутации, важные для диагностики и лечения. Они также предоставляют онлайн-руководство по анализу других вирусных геномов, например, образцов пациента с SARS-CoV-2.

Сегодня все мы носим в карманах профессиональные фотоаппараты, и нетрудно представить, что в ближайшие пару лет у всех будут собственные секвенаторы ДНК на смартфонах, - считает Шац.[1][2]

Примечания